與正置相比，自由度更高。 由于樣本位于物鏡上方，因此，工作距離更大，可對大型和重型樣本進行成像。

倒置顯微鏡更容易觀察細胞和組織培養物，因為細胞下沉或粘附在透明培養皿或燒瓶的底部（注滿水溶液）。由于需要水浸物鏡，因此很難從上方使用直立顯微鏡看到很多東西。

可以在更短時間內查看更多樣本。只需將樣本放在載物臺上，聚焦表面一次，然后對其成像。所有其他樣本的焦距保持不變。

物鏡撞入樣本的風險要小得多。 由于物鏡位于載物臺下方，因此，這個事實有助于極大降低物鏡撞入樣本的風險。

節省樣本制備的時間和成本。只需制備樣本的一側，即可更輕松地對大型樣本成像。

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