了解分子、細胞和組織在原生空間環境中的組織和相互作用

最近在測序、質譜分析、成像技術等方面取得的進展，從根本上提高了從生物樣本，尤其是人體組織中獲取信息的深度。這些工具和發現的相互關聯性催生了一系列復雜、快速發展的技術和研究領域，這些技術和領域被廣泛定義為空間生物學。通過整合先進技術，空間生物學正在改變生物研究的格局。

但什么是空間生物學，研究人員如何利用其工具和思維方式來回答后組學時代日益增長的生物學問題？在本文中，我們將簡要概述空間生物學這一主題、其技術和產品，以及研究人員可能提出的問題，從而了解這一不斷發展的領域。

簡單地說，空間生物學是空間數據與生物分子特征信息的結合。換句話說，當 XY（或 XYZ）坐標信息被分配給樣本中已識別的生物分子時，由此產生的數據可被稱為空間生物學。不過，該術語通常只有在進行大規模研究時才會被使用——當數千或數百萬個細胞、蛋白質、轉錄本或其他分析物在空間上被解析時。

例如，研究單個蛋白質及其在細胞培養物中的位置可能稱不上是空間生物學研究，但在上百個其他蛋白質和 RNA 分子的異質組織樣本中探索單個蛋白質則更有可能稱得上是空間生物學研究。這樣，研究人員就能在原生組織結構和細胞微環境的背景下探索各種生物分析物的分布情況。因此，空間生物學可以揭示組織中細胞生物學的多樣性和空間異質性，以及細胞的空間組織。

如何生成空間生物學數據？

產生空間生物學數據的三個主要技術系列是熒光顯微鏡、測序、質譜，通常是三者的結合。特定的空間生物學子類型通常由添加位置數據的基礎技術來定義。例如，處理大量器官組織并對裂解液中的 RNA 分子進行測序或使用單細胞測序可稱為轉錄組學，而使用顯微切割技術將 RNA 測序讀數分配到特定物理位置則更可能被稱為空間轉錄組學或空間分辨轉錄組學。空間轉錄組學方法也可以通過將條形碼標簽與樣本中的 RNA 分子雜交，然后直接使用新一代測序或熒光探針讀取來揭示標簽物種的身份。另外，基于 DNA 原位測序的方法也可通過一種稱為空間基因組學的方法應用于空間生物學工具集。例如，這種方法可用于探索腫瘤細胞中拷貝數的變化，或發生非整倍體——染色體數量偏離正常值——的組織中染色體數量的變化。

利用質譜技術識別樣本中的蛋白質被稱為空間蛋白質組學或空間分辨蛋白質組學。采用這種方法時，可以先對組織區域進行顯微解剖并進行質譜分析，然后再將這些區域重新對準參考圖像。另外，各種成像質譜技術可直接分析組織區域。這些技術有一個共同的基本方法——制備樣本，然后對組織區域進行離子化，獲得并分析質譜，然后再將質譜與樣本中的位置聯系起來。

同一系列的技術還可以獲得非蛋白質代謝物的定量空間信息，通常稱為空間代謝組學，盡管分析物不一定是細胞代謝的直接產物。這類方法可以分析脂質（脂質組學）、糖類（糖組學），甚至是評估藥效學的藥物分子。這是一種很有挑戰性的方法，它在很大程度上依賴于良好的測量標準，但卻為人們廣泛深入地了解人體組織化學打開了一扇大門。

空間蛋白質組學并不一定只能通過質譜法來實現。它也可以通過光學顯微鏡和超多標成像工作流程來檢測樣品中的數十或數百個蛋白質。質譜法或多重成像法的不同之處在于復雜性，即單個樣品中可分析的分析物的數量。分析少量分子可稱為低標或中標，而分析成百上千個分子則可稱為超多標。為什么研究人員要在空間生物學實驗中使用低標技術？基于成像的方法通常具有提供更高分辨率成像組織的優勢。如果需要了解分析物在單個細胞中的精確位置，多重成像可能是實現這一結果的途徑。

例如，免疫腫瘤學研究人員通常對高度特化的免疫細胞亞型的精確細胞類型特性感興趣。這可能需要五到十個生物標記物的單細胞分辨率才能確定準確的表型，因此需要分辨率更高的低倍增方法。低/中標技術和超多標技術并不相互排斥。低倍方法可以確定假設，甚至是組織的特定區域，以便在工作流程的后期使用基于質譜或測序的高倍方法進行分析。

超多標成像如何為空間生物學研究提供途徑？

超多標空間生物學有許多工作流程，使用多種技術，例如：

• 在同一臺設備上染色和成像

• 十色以下采用一次成像拆分的方案

• 一體化組學解決方案

• 迭代染色

研究人員為什么要使用這些技術？采用空間方法是技術進步與對細胞和組織生物活動的深入了解相結合的產物。隨著人們越來越容易了解細胞內的轉錄本、蛋白質和分子，研究人員也越來越好奇這些分子是如何組織起來的，尤其是在異質組織內和疾病狀態下。以腫瘤微環境為例：大量的知識已經揭示了腫瘤發生和癌癥進展的許多分子決定因素。由于掌握了這些知識，許多經典的致癌基因和致癌途徑已成為治療的靶點，但成功與否參差不齊。一個有希望的治療領域是免疫療法，它能刺激病人的免疫系統攻擊和破壞腫瘤組織。然而，確定哪些患者將從通常非常昂貴的藥物中獲益是一項挑戰。

預測對免疫治療藥物的反應的關鍵往往隱藏在組織的組織結構以及與腫瘤本身非常接近的細胞的特性中。腫瘤細胞離血管有多近？是否存在或不存在將腫瘤與周圍環境區分開來的免疫細胞？這些免疫細胞是進入還是離開腫瘤區域？這些細胞是否已對腫瘤做出反應，還是處于衰竭狀態？腫瘤的基因和蛋白質表達是否存在異質性，是否顯示出分化為不同的代謝片段？所有這些問題都與預測免疫療法反應有關，是空間生物學方法的最佳問題。

經典的癌癥遺傳學也可能受到空間生物學技術的影響。研究人員可能會問：DNA 修復缺陷的細胞在哪里？是哪些細胞或基因毒性損傷造成了這些細胞，特定的基因毒性又造成了怎樣的空間損傷模式？空間生物學也有非癌癥、非轉運的途徑。例如，毛囊等發育中的復雜組織顯示了干細胞，這些干細胞通常具有相當細微的細胞特性，并根據毛發生命周期的進展進入不同的龕位。這類發育生物學環境非常適合利用空間生物學方法。事實上，任何需要精細了解細胞特征和位置的實驗環境都可以從空間生物學技術中受益。

結論

空間生物學是一系列工具、方法和分析模式的總稱，旨在利用全息技術和成像技術來深入了解人體組織的組織結構。隨著這些技術的不斷進步，研究人員所能提出和回答的問題范圍也將不斷擴大。癌癥生物學、醫學、發育生物學等復雜領域都將受到這些技術突破的深刻影響。采用空間生物學的 "思維方式" 將有助于輕松過渡到使用這些方法，并鼓勵研究人員思考這種方法如何為他們當前的實驗系統及其他系統提供新的見解。

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