共聚焦顯微鏡的共聚焦成像能有效抑制焦平面外的雜散光和非測量光進入探測器，實現單一焦層面成像，使分辨率大為提高。載物臺沿橫向均勻移動時，可形成清晰的單層圖像，沿縱向移動，可實現樣品不同深度的逐層掃描，經過三維重建得到樣品的三維立體結構，即所謂的“光學CT”。因為，光通過濾鏡的數目減少，其光學穿透有效率更高，影像更為鮮明，解析更高。